埃博拉幸存者在幸存墙上的手印近日,根据《华盛顿邮报》的报道,首个用埃博拉幸存者的血液来治疗埃博拉患者的临床试验在西非拉开序幕,其目的主要是来测试埃博拉幸存者向患者捐献血浆或血液的是否安全、有效的,并能够减少了疾病和死亡。
他汀类药物今年五月,两项试验都没能证明他汀类药物可以改善慢性阻塞性肺疾病(COPD)或急性呼吸窘迫综合征(ARDS)病人的预后。一种是Esbriet(pirfenidone吡非尼酮),制造商是InterMune公司(现在是瑞士罗氏的一部分)。
延伸阅读:Drugs that made headlines in 2014。临床试验结果表明,20名复发性难辨梭状芽孢杆菌(Clostridium difficile)感染患者中,18名被治愈,没有腹泻等症状。原发性胆汁性肝硬化治疗药物Obeticholic acidIntercept Pharmaceuticals生产的obeticholic acid是一种胆汁酸类似物,用于原发性胆汁性肝硬化的治疗。加州的Mapp Biopharmaceutical制造了ZMapp单克隆抗体混合物,不过该药物除了动物实验和人类特许使用(compassionate use)之外,目前还没有更多进展。该前瞻性试验显示,默克的Zocor(舒降之,simvastatin,辛伐他汀)对慢性阻塞性肺疾病,以及阿斯利康的Crestor(rosuvastatin,瑞舒伐他汀)对急性呼吸窘迫综合征,与安慰剂对照都没有效果。
通常通过鼻管导入肠道,价格昂贵。溃疡性结肠炎和克罗恩病治疗药物Entyvio今年五月,武田制药(Takeda Pharmaceuticals)的Entyvio(vedolizumab)被批准用于治疗之前使用其他药物无效的溃疡性结肠炎和克罗恩病(Crohns disease)。但现在,加拿大却抱着观望的态度,成为G7集团中唯一一个没有对遗传信息进行保护的国家。
由于个人隐私的保护,雇主不能打听一个人的婚姻状况,却可以获知私人遗传信息实际应用中,借助英特尔的产品技术,计算效率能大大提高。以测序为例,以前传统的方式需要几个星期时间,而现在8个小时就可以完成。此外,英特尔至强处理器架构使用同样的编程语言、并行模式、技术和开发人员工具,因此以往在至强处理器上运行的应用,在向至强融核上迁移时,具有更便捷、更易于移植等优势。
只有相互协作,共同探索开发,才能真正的造福于人类。大数据与基因技术结合 拯救可怕的帕金森 2014-12-22 10:57 · 李亦奇 在未来,基因检测术将会成为医疗不可或缺的一部分。
大数据打入帕金森2014年8月13日,迈克尔•J•福克斯帕金森氏症研究基金会(MJFF)和英特尔公司对外宣布了一项合作,促进帕金森氏症的研究和治疗——帕金森氏症是一种全球范围的、患病率仅次于阿兹海默氏症的神经退行性脑部疾病。通过这种方法,研究人员能以每秒数百读数的速度分析来自成千上万患者的数据,同时获得海量数据以用于探索模型和获取新发现,再也不必受限于零星收集得来的少量数据信息和繁杂的书面患者日志。第五,简化耗时函数中的循环。这也最终促成了华大基因与英特尔的合作。
但实际测试性能却已经完全出乎专家预期。该项目将联合全球科学家,通过上百万样本的测序构建遗传信息的数据库,进一步推动基因组测序和生物信息分析技术在粮食安全、医学应用、生态保护等重大发展问题的应用。国内最大的基因检测机构华大基因,也正在抓住机会,用信息技术提升基因检测技术,致力于提供更好的基因服务。现代生命科学和医疗健康正转变为由大数据和大计算推动。
其编码的简单可移植性,正是基因测序相关程序中的重要需求。在尝试了6种优化方法之后,BWA获得的最好加速比已经达到2.19。
王丙强博士说:代码的修改工作量不大,只需要对源代码进行很小幅度的修改,是添加一些辅助编译指示,就能在这个组合上运行的相当好。BWA包括6种优化方法:第一,使用OpenMP代替Pthreads, 使用schedule实现负载均衡、使用KMP_AFFINITY=balanced, granularity=thread实现线程绑定。
这一重大突破的背后,则是英特尔至强融核协处理器(Xeon Phi)。在测试基于英特尔至强和至强融核的高性能计算平台的同时,华大基因也正在执行3M百万基因组计划,即百万动植物基因组计划、百万人基因组计划、百万微生态基因组计划。这是英特尔面向高度并行的高性能计算(HPC)应用所推出的协处理器,能够提供多达61个内核、244个线程和1.2万亿次浮点运算性能。第三,使用TBB的内存分配代理取代glibc的内存分配。第二,使用双缓存,同时进行数据读取和计算。解决信息技术瓶颈只有以科学发展,以大技术、大平台、大数据支撑下的基因产业,才是无穷无尽的,永远没有冬天。
可穿戴设备能够24×7全天候地在后台实时收集和传输相关客观数据。大数据和云计算给医疗界带来了新的光明,利用它们来解决基因测序带来的问题是大势所趋。
新兴的技术不仅可以创建一个测量帕金森氏症的全新范例,还能为医学界提供更多数据,以便找出目前尚未明确的疾病特征,从而开拓全新的研究领域。越来越多的人会进行基因测序来了解自己的生命体征和健康状况。
解决数据分析和计算成了必须要克服的问题。在这个技术为王的时代,任何独立的高端技术都将面临寒潮。
基因,这个被我们熟悉却又十分陌生的词汇开始频繁出现。医疗行业的变革正成为新的风口,今天作者想讲讲大数据与基因技术结合,正在产生什么新的想象力。这项合作将利用全新的大数据分析平台进行多阶段研究——利用可穿戴技术监测患者症状,并用收集得来的数据探索相关模型。而其强大的计算能力为提高基因测序速度提供源动力,标准的编程模型也为基因测序向至强融核上的移植提供了便利。
所有这些,都可进一步帮助实现针对帕金森氏症本质的洞察,从而帮助科学家们衡量新药品的功效,以及协助医生制定预后方案。然而基因检测海量、复杂、多变的数据计算需求一直是华大基因前进道路上的鸿沟。
由于BWA软件代码分支多,并且有很多随机访问,起初大家都不看好BWA的移植效果。而不得不说的是至强和至强融核的组合在代码迁移和优化上为基因测序带来了非常大的优势。
第六,在至强融核上增加任务级并行按照输入文件进行任务划分,每个任务处理一部分输入数据,避免OpenMP的Map-Reduce并行模式带来的负载不均衡的开销。英特尔公司高级副总裁兼数据中心事业部总经理柏安娜表示,帕金森氏症症状的多样性给疾病检测的进展带来了巨大挑战。
其中尤以基因检测技术走到了前面,让我们谈谈帕金森综合症:在未来,基因检测术将会成为医疗不可或缺的一部分。第四,使用多缓存进一步减少IO瓶颈。华大基因总裁、深圳华大基因研究院院长汪建先生如是说。华大基因在基因测序计算中应用的BWA(Burrows-Wheeler Aligner),是基因研究中一款十分优秀并且被广泛使用的序列比对软件
2014中国最具投资价值的十大CRO企业新鲜出炉 2014-12-22 10:40 · 顾露露 由PI《医药界》杂志联合鸿与智产业研究院组织发起2014中国CRO行业创新力企业TOP50评选活动于2014年12月18日在上海世博展览馆举办了盛大的颁奖典礼,现场颁发了2014中国最具投资价值的十大CRO企业奖项。本次活动共邀请业内媒体115家,包括大众媒体、行业媒体、用户媒体以及海外媒体,宣传力度达到史上最强。
为鼓励医药研发生产服务外包行业企业充分发挥积极性和创造性,加快高新科技成果转化为生产力的步伐,增强市场竞争力,推动我国CRO/CMO产业创新发展,PI《医药界》杂志联合鸿与智产业研究院邀请行业知名协会共同组织发起了2014中国CRO/CMO行业创新力企业TOP50评选活动,活动以创新发展,共赢未来为主题最终产生2014中国最具投资价值的十大CRO企业。相信通过评选活动,中国CRO行业 企业、创新成果等品牌知名度、品牌价值及其影响力将获得进一步提升。
本次参加颁奖典礼人头攒动、热闹非凡,参会代表高达400余人,还邀请了行业内知名协会、研究机构以及优秀企业代表参与,如:科文斯、INC、默沙东等。由PI《医药界》杂志联合鸿与智产业研究院组织发起2014中国CRO行业创新力企业TOP50评选活动于2014年12月18日在上海世博展览馆举办了盛大的颁奖典礼,现场颁发了2014中国最具投资价值的十大CRO企业奖项,本次颁奖嘉宾邀请到国内知名制药企业代表为获奖企业颁奖,进一步促进了CRO公司和制药企业的合作、交流。